ノーメンテではいざと言うときに危ないし。トラブルが起きてからどうにかする形になるのがヤバい。
Thunderbird のデータは、初期設定では
%APPDATA%\Thunderbird\Profiles\
に保存されています。
Profiles 内に複数フォルダがあることがありますが、
ひとつ上の階層
%APPDATA%\Thunderbird\
にある
profiles.ini
に
[Install～]
とかのセクションがあり、
Default=
とかなっている項目が現在利用しているフォルダです
Locked=1
となっているとそれで固定になっていますが、
プロファイルを切り替えられるようになっていると、
[Profile0]
とかの項目が複数存在していることになります。[Install～]にDefault=で指定されているパスと同じものを持っている項目を持っている[Profile～」が現在使用しているプロファイルということになります。
更新日付なども確認して、自分のメールデータが格納されているフォルダを特定してください。
メールのデータを保存したい場所（D:\Thunderbird とか）にコピーして、
ファイル名を指定して実行から、 thunderbird -p で
Thunderbird のプロファイルマネージャを起動して、
新しいプロファイルを作成して、コピーしたフォルダを指定する。
問題なく起動するようなら古いプロファイルフォルダを削除（どっか別の場所に移動とか、一時的にリネーム）しても問題ない確認して完了。
左側のフォルダを右クリックしてフォルダの最適化をすることにより、メールデータから削除済みのメールのデータをクリーンアップしてデータを最適化できます。
Thunderbird は1つのフォルダが1つのファイルみたいなデータ構造になるので、1つのフォルダに大容量のメールを蓄えるとうまく動作しなくなることがあります。
グローバル検索用のインデックスが破損することがあるようです。検索がおかしくなった場合、
Thunderbird を終了した状態で、 Profiles フォルダにある
global-messages-db.sqlite
global-messages-db.sqlite.journal
を削除してThunderbirdを起動するらしい
メールのデータは、
アカウント設定のサーバー設定のところで
メッセージの保存先として確認できます。
（デフォルトでは、C:\ユーザー\（ユーザー名）\AppData\Roaming\Thunderbird の中、ユーザーごとに Profiles というフォルダで管理されてるけど、1人で占有して利用している場合は気にしない）
このフォルダを丸ごとバックアップしておくのがいいでしょう。